加强畜禽养殖污染防治。严格执行畜禽养殖区域和污染物排放总量“双控制”制度与禁养区制度。落实《莲都区畜禽养殖禁养区划分方案》，调整优化养殖业布局，禁养区不再新建、扩建畜禽养殖场。禁养区内现有的各类畜禽养殖场限期实现关停、转产或搬迁。新、扩、改建的畜禽养殖场必须严格执行环境影响评价制度和环保“三同时”制度。落实畜禽养殖废弃物资源化处理，坚持源头减量、过程控制、末端利用的思路，以规模化养殖场(小区)为重点，提升设施修复以及资源化利用技术，加强畜禽养殖场废弃物综合利用、生态消纳，切实加强处理设施的运行监管。持续推进畜禽粪污资源化利用，推行种养结合，支持粪肥就地无害化处理和施用，配套建设粪肥、沼液田间贮存池、沼液输送管网、沼液施用设施等，培育社会化服务组织参与沼液、粪肥利用，有机肥加工，打通粪肥还田通道。全面落实保险联动机制，建立健全病死动物无害化处理体系。至2025年，规模化畜禽养殖场养殖废弃物资源化利用率达到90%以上，规模养殖场粪污处理设施装备配套率达到100%，病死动物无害化处理率达到100%。
促进水产养殖规范化。持续优化水产养殖布局，严格执行各乡镇养殖水域滩涂规划中禁养区、限养区、养殖区划定成果，根据不同水域类型执行相应管控措施。对不符合管控要求的水产养殖，限期退出。推进实施水产绿色健康养殖，提高水产养殖绿色发展水平。推广生态养殖模式，探索具有区域生态特色的水产养殖。加强监督执法，严控水产养殖用药量和饲料量，“十四五”期间，保证渔药使用总量持续减少。全面推进水产养殖尾水的生态化治理，开展水产养殖集中区域水环境监测，探索渔业养殖尾水零直排建设。注重渔业与其他行业相结合。
提升农村生活污染治理水平。推进农村生活污水治理，落实农村生态清洁小流域建设工作，深入实施《丽水市农业农村污染防治攻坚行动计划》开展农村生活污水治理设施提升与规范化建设，加强处理设施规范化管理、标准化运维，建成“五位一体”的县域农村生活污水治理设施运维管理体系。逐步推进农村生活污水治理设施提标改造。加大农家乐、民宿等污水治理力度，规范餐饮含油污水隔油处理。开展农村生活污水处理设施提升行动，推动莲都区农村生活污水新建和改造项目，落实开发区农村生活污水处理设施提标改造项目，加快堰头村污水管网改造进度。到2025年，农村生活污水处理设施行政村覆盖率达到100%，达标排放率达到95%。
(三)推进水生态保护修复
1.推进美丽河湖建设工作
根据丽水河湖水生态健康评估，按照《浙江省乡村振兴战略规划(2018-2022年)》提出的美丽河湖建设体格局要求，落实《浙江省美丽河湖建设行动方案(2019-2022年)》，以“守、退、补”为原则，大力推进“美丽河湖”建设，打造幸福河，营造“水清岸绿、鱼翔浅底”的优美生态景观。继续巩固深化剿灭劣V类水成果，对水质波动反复或考核不达标的断面实施“一点一策”治理。“十四五”期间，持续推进河湖生态修复和保护，科学合理划定河湖管理范围，加快碧湖平原水系综合治理工程，综合治理中小河流 30公里，新增滨水绿道20公里以上，主要江河干流实现可亲水、宜漫步、能骑行的滨水绿道的全面贯通，建成美丽河湖6条(个)。
2.落实河湖岸线管控要求
根据《浙江省河湖水域岸线管理保护规划技术导则》等文件要求，进一步明确河道保护范围内准入要求与准入行为，建设河道两侧绿植缓冲带和隔离带，维持水源涵养生态空间，逐步提高基本水面率，打造高水平的水安全屏障。科学确定并严格落实河湖生态保护红线，开展市区内河河道整治工程、城市内湖水质净化系统建设等项目。加强入河排污口管理，深入推进水域动态管控、水域调查、重要河湖岸线管理保护规划等工作。依法规范入河排污口设置，长江经济带所有入河排污口完成规范化建设，确保入河排污“看得见、可测量、有监控”。
3.加强湿地生态保护治理
加强重要湖泊湿地生态保护治理。恢复白湖、赤湖等历史湖泊，形成碧湖湖泊生态链，加强河湖生态缓冲带建设，完善九龙国家湿地公园建设。分梯度推进湿地生态修复和保护。通过湿地封育保护、退耕还湿、湿地生态补水、生物栖息地恢复与重建等措施，持续恢复不合理开发以及功能区退化的湿地。建立湿地生态预警机制，打造立体湿地资源监测方式，科学恢复和合理利用相结合。将湿地建设与水生态环境关键节点相结合，在污水处理厂下游、支流入干流口、河湖入库口建设功能型湿地，实现水质净化与生态环境美化同步。
4.实施生态缓冲带保护修复
结合“有河有水、有水有鱼”目标，综合考虑莲都区水功能区划定、河流类型、截留效率等因素，在区内适宜的河道与陆地交界区域内建设合适的生态缓冲带，稳固河岸、阻控面源、增加生物多样性、提供生物栖息地、提高周边经济价值。积极推进水生态修复，完成黄村生态缓冲拦截区建设试点工作。梯次开展重点流域的水生态健康评估工作，从水环境质量、水生物群落多样性等方面提出监测指标，制定具体的考核办法。
5.科学保护水生物资源
坚持保护优先、绿色发展的原则，大力推进莲都区重点水域水生生物多样性保护修复工作。完成重要水域水生生物多样性本底调查，根据《丽水市生物多样性保护与可持续利用发展规划》的要求，到2025年，初步建立莲都区重点水域水水生物多样性保护监管体系，建立较为完善的遗传资源保护、保存和开发利用体系。落实丽水大花园“鱼翔浅底”行动实施方案，增添城乡河道“以鱼秀水”美景，人鱼更加和谐相处，水生生物多样性和资源量得到有效恢复。
(四)强化水资源保护调度
1.实行最严水资源管理。
全面落实“三条红线”、“四项制度”，实行最严格水资源管理制度。严守水资源开发利用控制红线、用水效率控制红线和水功能区限制纳污红线，落实用水总量控制制度、用水效率控制制度、水功能区限制纳污制度和水资源管理责任和考核制度。
2.推进节水型社会建设
以建设节水标杆城市为目标，秉持“节水即治污”的理念，不断增强全社会节水意识，根据本地水资源禀赋、水环境承载力、发展需求和经济技术水平等因素分区分类开展污水资源化利用工作，实施差别化措施。到2022年，重点领域节水取得成效，节水型生产和生活方式初步建立，节水产业初具规模，用水效率和效益显著提高，全社会节水意识明显增强。万元国内生产总值用水量、万元工业增加值用水量较2020年分别低19%和16%以上，规模以上工业用水重复利用率达到91%以上，城镇居民年人均生活用水量控制在55立方米以内，农田灌溉水有效利用系数提高到0.584以上。
到2025年，节水政策法规体系、标准体系、市场机制基本完善，技术支撑能力不断增强用水效率指标持续向好，全社会形成良好节水风尚。万元国内生产总值用水量、万元工业增加值用水量较2020年分别降低19%和16%以上，全莲都区用水总量达到1.9亿立方米。 到2035年，形成健全的节水政策法规体系和标准体系、完善的市场调节机制、先进的技术支撑体系，节水、护水成为全社会的自觉行动，全区水资源节约和循环利用达到南方丰水地区先进水平，形成水资源利用与发展规模、产业结构和空间布局等协调发展的现代化新格局。
开展公共领域节水。行政事业单位等公共机构率先开展供水管网、绿化浇灌系统节水诊断，推广应用节水新技术、新工艺和新产品，全面使用节水器具。大力推广绿色建筑，新建公共建筑应安装节水器具。推动城镇居民家庭节水，普及推广节水型生活用水器具。到2022年，公共场所及公共建筑节水器具普及率达到100%。市(区)级全部机关和60%以上的市(区)级事业单位建成节水型单位。