主体工程河道设计行洪流量7000立方米每秒，排涝流量1267立方米每秒。右堤堤防等级为1级，左堤堤防等级为2级。根据入海水道二期可研报告，市核心区泵站工程按照10年一遇标准，新建城区和农区均按照5年一遇标准。主城区、新城区及农区穿堤建筑物为10年一遇标准。泵站引河工程按照20年一遇排涝标准。
2.流域性河道堤防薄弱环节加固
针对苏北灌溉总渠堤防薄弱环节，根据河道堤防等级进行达标建设，并建设堤防防汛站所和防汛道路。按照100年一遇，行洪流量800立方米每秒的防洪标准，对苏北灌溉总渠淮安区段堤防薄弱环节加固。
第二节 区域治理工程
淮安区区域治理涉及白马湖和宝应湖区域、里下河地区以及渠北区等，主要建设内容为堤防达标建设、推进蓄水工程及退圩还湖、整治骨干河道、加大外排动力、优化调度方案等，建设标准为区域防洪标准基本达到20年一遇，除涝标准基本达到10 年一遇，主要依托于以下三个项目：
1.淮河流域重点平原洼地治理近期工程
按照防洪标准20年一遇，排涝标准10年一遇的标准，拓浚白马湖下游引河18.7千米，马家荡南青沟河5.1千米，白马湖引河下游退建、加固堤防9.65千米，拆建罗庄桥等桥涵闸站配套建筑物19座。
2.东环城河工程
依托淮河入海水道二期工程建设，沿十六中沟方向，从入海水道向北至茭陵一站引河新开东环城河，排涝标准20年一遇，设计流量约200立方米每秒，新建茭陵一站引河节制闸、乌沙干渠渡槽、东环城河穿堤涵洞、东环城河泵站等配套建筑物8座。建设港区，挡洪闸等，预留可满足二级航道船舶进出港要求的发展空间。
3.中小河流治理工程
规划渔滨河、窑头河全线、南支河(东环城河下段)综合整治，改、新建沿线桥涵闸站等配套建筑物等。
4.旱涝灾后应急治理工程
规划拆建里运河沿线陈庄排灌站、平林排灌站，封堵运东引江闸，新建苏嘴灌溉站等。
第三节 农村水利工程
1.大型灌区节水配套与现代化改造工程
按照“节水高效、设施完善、管理科学、生态良好”的灌区现代化要求，实施渠北灌区节水配套与现代化改造工程，在完善续建配套与节水改造的基础上，对工程设施、管理和生态文明等方面进行全面改造、改革和建设。主要内容包括骨干工程和田间工程，骨干工程主要包括水源工程、泵站工程、输配水工程、排水工程、水土保持及生态环境保护工程等，使灌区灌溉设计保证率达85%，节水灌溉工程面积率达65%，有效灌溉面积率达91%，灌溉水利用系数达到0.62以上。骨干河道排涝标准10年一遇。田间工程建设标准按照《高标准农田建设通则》(GB/T 30600-2014)和省政府出台的高标准农田建设标准建设小型水利工程、农业工程、田间道路、农田林网等。
2. 农村供水保障工程
建设白马湖水厂二期工程、供水增压站工程(城东供水增压站新建和一级增压站提升工程)、区域供水联络管网工程(清水管网互通工程和环网工程)、备用水源地对接工程、供水信息自动化工程、农民集中居住小区配套供水管网工程、配水管网改造工程，分区计量装置与用户水表升级改造安装等项目。按照供水水质、水量达到国家相关标准，农村供水水质达标率达100%;供水维修服务时限化，管理专业化;饮用水源地及备用水源地达标建设;用水户满意度达100%。
3.农村生态河道建设工程
按照党中央和省委省政府的生态文明建设战略、乡村振兴战略和社会主义新农村建设要求，大力实施农村河道疏浚及生态河道建设，深入推进河长制工作，加强生态河湖建设，改善水生态环境。规划通过河道清淤疏浚、岸坡整治、堤防加固、植物防护、景观打造和河道管护等措施，建成农村生态河道76条，总长度625.3千米，其中市河南干渠、小泗河等县级河道22条，东一支渠、西二支渠等乡级河道54条。
4.水土保持工程
规划实施黄河故道片区等重点预防区水土流失治理及预防保护项目，开展水土保持普查、监测站点建设等水土保持监测项目，推进基础平台及科技展示园建设等水土保持综合监管项目等。初步建成水土流失综合防治体系、水土保持监督管理体系。水土流失重点预防区治理面积达85%以上;水土保持方案申报率力争达90%以上，水土保持方案实施率力争达80%以上，水土保持设施验收率力争达80%以上，林木覆盖率达25%。依托《淮安区水土保持规划》的实施，到2025年全区水土保持率预期达到98%。
第四节 城市水利工程
1.城区河道轮浚工程
按照50年一遇防洪标准，遭遇10～20年一遇24h设计暴雨，骨干河道水位不超过河道设计水位的排涝标准，对文渠、清安河实施疏浚。
2.城区河道活水调度工程
对清安河、新路圩河等城区主干河道进行疏浚，新拆建部分活水引水涵闸，对其进行自动化改造，优化闸站调度方案。
3.城区低洼受涝片排涝治理
按照20年一遇排涝标准，拆建清安圩泵站、新建乌沙泵站、拆建南水关泵站、莲花泵站等城区排涝泵站;实施卫生大厦周边、樱桃园路周边以及经济开发区东部三个片区排涝工程。
4.运西支渠水环境综合整治
疏浚整治运西支渠、加固堤防及建设堤顶道路，改善河道水环境质量和水生态状况，提升供水保障，提高维护条件。
5.翔宇文化交流中心水系调整
按照20年一遇排涝标准，进行新一支大沟改道约330米，新建排水闸站1座。
第五节 水生态建设工程
1.里下河湖区退圩还湖工程
实施射阳湖退圩还湖20.37平方公里，绿草荡退圩还湖3.23平方公里，实施滨岸生态修复，使湖泊调蓄能力有效恢复、迎湖挡洪堤防逐步提标、水生态环境明显改善，河湖综合功能全面提升，努力实现水域和岸线的空间完整、功能完好和生态健康。